O desenrolar dos trabalhos é feito no âmbito das competências das respetivas comissões, dirigidas pelos seus Presidentes, aos quais compete acompanhar o trabalho dos relatores, bem como assegurar o cumprimento dos prazos. Cada parecer é baseado num projeto elaborado por um relator, ou por uma comissão redatorial, e a sua discussão é feita no âmbito de um grupo de trabalho constituído por membros da respetiva comissão especializada. Os projetos de estudos, pareceres, relatórios e informações aprovados nessas comissões são levados a aprovação final em Plenário.
A metodologia de trabalho adotada pelo CES para a produção de pareceres enquadra-se numa prática e num ciclo de preparação já consolidados, que está traduzido no esquema seguinte.

Não dispensa a leitura dos diplomas legais em vigor